Pondok Pesantren Harun Asy-Syafi’I Yogyakarta saat ini sudah memiliki 133 siswa jenjang pendidikan Salafiyah Wusto setara dengan SMP/MTs yang juga berbasis pesantren yang berpotensi melanjutkan ke jenjang tingkat Salafiyah Ulya setara dengan SMA/MA. Bahkan beberapa sudah berniat untuk melanjutkan.
Sebagian besar santri adalah dari kelompok masyarakat yang kurang mampu yang ditanggung oleh yayasan. Sehingga, keberadaan jenjang pendidikan Pendidikan Menengah Madrasah Aliyah merupakan kebutuhan bagi kelompok siswa tersebut agar keberlangsungan program tetap berjalan. Tak hanya itu, secara umum keberadaan lembaga pendidikan berbasis pesantren belum semuanya terjangkau oleh seluruh masyarakat khususnya lapisan masyarakat menengah ke bawah disebabkan karena faktor ekonomi. Sebuah ironi, jika mereka tidak bisa menuntaskan wajib belajar 12 tahun.
Berangkat dari latar belakang tersebut, kami berniat mendirikan program Madrasah Aliyah Tahfidz Qur’an Harun Asy-Syafi’i yang kami khususkan meneruskan program Salafiyah Wusto yang sudah ada saat ini. Dengan visi dan misi yang disusun diharapkan ikut berkontribusi mencerdaskan kehidupan bangsa sebagaimana tertuang dalam tujuan pendidikan nasional.